O Malinois foi o primeiro cão pastor a ser reconhecido e a dispor de um programa de criação mais sistemático, cabendo-lhe a tarefa de proteger e arrebanhar as ovelhas. Em 1891, foi fundado o Clube do Cão Pastor Belga que estabeleceu, em 1899, o primeiro standard da raça. No dealbar do século XX, foram registados os primeiros cães no livro da Société Royale de Saint-Hubert, e a “Charlot”, nascida em 1891, foi uma das primeiras Malinois a beneficiar com este registo.

Dotados com um forte carácter e notável capacidade de trabalho, estes cães de pêlo macio depressa conquistaram o interesse de muitos criadores belgas que o consideravam o cão pastor preferido da Bélgica.

Em 1911, foram registados nos EUA os primeiros Malinois (Belgian Blackie e o Belgian Mouche) mas até 1959, estavam inseridos na Miscellaneous Class do Kennel Clube Americano.
Na década de 60, a crescente importação desta raça e o consequente registo fez com que, em 1965, os Malinois passassem a pertencer ao Working Group daquele prestigiado clube e, com isso, participassem em competições. Nos anos 70, a importação destes cães foi ainda mais intensa e a sua popularidade aumentou consideravelmente no território americano. Hoje o Malinois pertence ao Herding Group daquele clube.

Atualmente, apesar de serem reconhecidas as quatro variedades, não existe, ainda assim, uma classificação unânime: o Kennel Council nacional australiano e o Kennel Clube neozelandês consideram que elas são quatro raças distintas; por seu turno, o Kennel Clube canadiano, o Kennel Union da África do Sul e a Federation Cynologique Internationale reconhecem as quatros variedades dentro da mesma raça.
O Kennel Club Americano possui ainda um standard ligeiramente diferente para o Malinois daquele que existe na Europa.